Dello straordinario lavoro del Telethon Undiagnosed Diseases Program (TUDP) e delle tecniche diagnostiche molecolari innovative parlerà il dr. Vincenzo Nigro (Università della Campania “Luigi Vanvitelli” e Telethon Institute of Genetics and Medicine, Napoli) al XIII Corso di Genetica pediatrica della FM “Disabilità complesse e bambini fragili” in programma a Firenze dal 19 al 21 aprile prossimi. Presentiamo qui l’abstract in anteprima.
Le iscrizioni al Corso sono aperte sul nostro sito.
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Il Telethon Undiagnosed Diseases Program (TUDP) è un programma nazionale italiano multicentrico con l’obiettivo di identificare nuovi geni mutati nelle malattie rare monogeniche ad esordio pediatrico. Dal 2016 sono state iscritte complessivamente 1.023 famiglie. La maggior parte dei bambini mostra un’elevata gravità, di solito presenta gravi manifestazioni multisistemiche, coinvolgimento neurologico e dismorfismi, ma rimane non diagnosticata.
Ad oggi, il TUDP ha risolto quasi il 50% di questi casi irrisolti (820 famiglie analizzate). Mutazioni in geni noti che causano malattie sono state identificate nel 79% di questi casi, mentre il restante 21% è stato associato a nuove malattie genetiche, scoperte mentre lo studio TUDP era in corso. Sono state rilevate mutazioni in eterozigosi composta (13%) o in omozigosi (8%), de novo (71%) e legate all’X (6% ereditate dalla madre).
Durante il progetto abbiamo appreso tre cose: i) il TUDP ha beneficiato di una valutazione clinica altamente selettiva e rigorosa, che è stata di fondamentale importanza per produrre uno specifico elenco di termini fenotipici; ii) il sequenziamento dell’intero esoma in trio (TRIO-WES) è un criterio di inclusione obbligatorio, con enormi vantaggi in termini di costi/benefici rispetto ad altre strategie, sebbene il ri-sequenziamento dei casi sia stato talvolta necessario a causa dei continui miglioramenti nella qualità grazie alle nuove tecnologie; iii) la rivalutazione periodica con nuovi strumenti bioinformatici, nuovi dati di letteratura e matchmaking ha portato alla soluzione di circa il 25% di ulteriori casi.
Stiamo eseguendo la rianalisi di casi ancora irrisolti utilizzando tecnologie più avanzate, come il sequenziamento dell’intero genoma a lettura lunga (WGS) utilizzando il WGS “linked-read”, il sistema Oxford Nanopore, l’array ACACIA e il sequenziamento dell’RNA a lettura lunga. Ogni tecnologia sarà discussa. Attualmente stiamo testando questi strumenti avanzati per definire criteri di inclusione basati su costo e rendimento.
V. Nigro
